Il progetto autostradale prevede due importanti opere in sotterraneo - le  gallerie Boscaccio e Santa Lucia - che possono interferire, durante la costruzione e in fase di esercizio, con i corpi idrici sotterranei. Gli impatti possibili riguardano il drenaggio delle acque di falda con conseguente aumento della soggiacenza (distanza del livello di falda dal piano campagna) e la diminuzione/scomparsa di portata delle sorgenti.

Il monitoraggio viene effettuato su pozzi e sorgenti significativi e su piezometri presenti in superficie lungo il tracciato di galleria. Le misure sono periodiche e prevedono il rilievo di vari parametri: livello di falda, portata di sorgente, parametri chimico-fisici (pH, conducibilità elettrica e temperatura dell’acqua) nonchè il prelievo di campioni per l'analisi chimica e batteriologica. Sono previste anche misure di livello di falda e di portata con strumentazione in continuo. Oltre a queste misure di superficie sono utilizzate anche informazioni provenienti dall’attività di scavo delle gallerie (portate cumulate agli imbocchi, rilievi al fronte e dati rilevati dalla macchina di scavo).

A scopo preventivo e di mitigazione, sono state definite disposizioni speciali per le imprese - recepite in termini prescrittivi nel DEC VIA - mirate a ridurre l’interferenza con i corpi idrici sotterranei: le imprese ad esempio sono tenute a fomalizzare codici di scavo - che costituiscono documentazione di dettaglio sulle modalità di scavo in funzione delle caratteristiche geologico-strutturali ed idrogeologiche dell’ammasso roccioso attraversato - con la finalità di contenere gli eventuali effetti di drenaggio della falda durante la costruzione della galleria.

Nel piano di monitoraggio ambientale sono definite le soglie di azione: il loro superamento determina l'attivazione di un un gruppo di crisi (Spea, Impresa costruttice) che effettua approfondimenti tecnici e propone azioni risolutive. Di tale attività è informato come parte attiva il Comitato di controllo.

I risultati di monitoraggio sono consultabili sul sito del Comitato di controllo. Con cadenza trimestrale il proponente elabora una relazione sulla quale ARPAT effettua una valutazione per le varie componenti ambientali.