I controlli analitici delle acque minerali seguono le disposizioni indicate nel decreto ministeriale 12/11/1992, n. 542 e successive modifiche e nel decreto ministeriale 13/01/1993. Nelle Circolari Ministero della Sanità 17/1991 e 19/1993 sono riportate indicazioni, rispettivamente, per le procedure relative ai controlli microbiologici e per gli aspetti connessi alla vigilanza ed al commercio delle acque minerali. In Toscana è stata emanata la Circolare 2 marzo 1994, n. 1 “Disposizioni relative ai controlli igienico-sanitari sulla produzione e vendita delle acque minerali naturali”. In base alla Circolare, le operazioni di vigilanza e controllo in materia igienico-sanitaria sono svolte dai Dipartimenti di prevenzione delle Aziende USL, le analisi chimiche e chimico-fisiche sono eseguite dai dipartimenti provinciali ARPAT, mentre le analisi microbiologiche sono effettuate dai laboratori di biotossicologia dei Dipartimenti di prevenzione delle Aziende USL, salvo alcuni casi nei quali sono eseguite dai laboratori ARPAT.
Le frequenze e la tipologia dei controlli sono di seguito riassunti.