Dalla lettura combinata della normativa nazionale e regionale, discende la necessità di distinguere, sotto il profilo procedurale, i procedimenti di bonifica:

• di competenza comunale;
• di competenza regionale: per siti ricadenti su più comuni o ricadenti nelle aree di riperimetrazione dei Siti di Interesse Nazionale (SIN);
• di competenza statale: per siti ricadenti nei SIN .

I 4 Siti di Interesse Nazionale toscani (SIN) di competenza ministeriale che ricadono nel territorio toscano sono:

• il SIN di Massa Carrara (istituzione L.426/1998; perimetrazione DM 21/12/1999);
• il SIN di Livorno (istituzione L.468/2001; perimetrazione DM 24/02/2003);
• il SIN di Piombino (istituzione L.426/1998; perimetrazione DM 10/01/2000 e DM 07/04/2006);
• il SIN di Orbetello Area EX SITOCO (istituzione L.179/2002; perimetrazione DM 02/12/2002 e DM 26/11/2007);

I Siti di Interesse Regionale (SIR) di competenza regionale, sono:

Sono tali tutti i siti il cui perimetro ricade sul territorio di due o più Comuni nonchè le aree risultanti dalla riperimetrazione dei SIN, in particolare

• il SIR di Massa Carrara (DM n. 312 del 29/10/2013)
• il SIR di Livorno (DM n. 147 del 22/05/2014)
• la ‘Discarica Le Strillaie’ (istituito come SIN dal D.Lgs.152/06; perimetrata con DM 11/08/2006 è stata successivamente deperimetrata a SIR di competenza regionale con DM 11/01/2013) 

Una descrizione dettagliata delle fasi e delle modalità di svolgimento del procedimento di bonifica è contenuta nella scheda informativa Bonifiche